El 6 de Julio de 2015, el Papa Francisco durante su visita a Guayaquil, empezó la jornada visitando el Santuario Nacional de la Divina Misericordia, donde lo esperaban decenas de invitados, entre ellos miembros del Hogar San José, del hospicio Corazón de Jesús, grupos religiosos, niños con discapacidad y miembros de la familia de la Divina Misericordia. 

El papa Franciscó llegó a las 10h38 al Santuario y rezó el Ave María, pidiendo a la Virgen «que siempre esté con ustedes» y pidió también a los presentes que recen por él.

Su decisión de visitar el Santuario demuestra la gran importancia que el Papa Francisco da a lugares relacionados con la misericordia de Dios, tema del que habla frecuentemente y que incluso proclamó un Jubileo de la Misericordia el 8 de diciembre de 2015.